各种主流文献管理软件的对比

这个问题有点大，但我还是尝试用自己的经历，结合网友的评测，把一些主要特点呈现给大家，如果你期望通过这篇文章告诉你究竟该选择哪个文献管理软件的话，我想这不是本文的目的，我期望大家读完之后有个自己的判断，通过尝试之后形成自己的看法。好比开车得用 GPS，但是不能从头到尾 GPS 吧。以下网友评论来自知乎。

一、Endnote

1. 网友Carbide Hafnium：Endnote长期使用用户，有Ctrl+s强迫症，Endnote我最不喜欢的就是一个pdf建一个文件夹，文件夹名同pdf文件名一致，以前没有注意这个问题，导致有些超长文件名的pdf其实际存储地址超长，在备份Endnote数据库时发生文件丢失的现象，现在下载的pdf,caj都习惯改短文件名，目前在备份方面还没有问题。至于分类，我习惯自建smart group,根据期刊、作者、关键词进行分类，倒也方便，新版有文献评分系统，可以给喜欢的paper用★进行分级。同时可以根据paper数据进行重复性查找，筛除重复文献。希望数据管理软件可以支持Endnote的数据库，速度快些，有Android客户端。

2. 网友alim：功能是最强大的，尤其是配合web of science使用，非常的方便。在用Web of science查找文献时可以提示你哪些文献已经存储在你的题录里面。可以存储1000000个题录，存储空间无限。并且对于PDF的支持也非常强大，可以自动分析PDF文件，然后更新题录，有很多杂志的模板可以参考，最大的优势是有很全的杂志题录样式，是其他的软件不能比的。可以和其他人分享题录。其他的功能自己开发，总的来说对得起这个名声。但是缺点是不能很好的做笔记，虽然可以添加一个Notes字段，但是那个字段并不怎么方便，因为学校没买，需要**，用的很少。不能添加标签。

3. 网友杜帆：实验室的同学基本都是 Endnote（非正版），但是看他们这几天折腾在 Word 中的插件，实在是让人崩溃。

4.  网友飞将军：从技术层面来讲，做一个文献管理软件应该是毫无难度的事情，然而，在我看来，目前所有的文献管理软件都做的很烂，具体我就不吐槽了，迫不得已在一堆烂软件里面选一个的话我用EndNote，期待尽快有真正用心做的文献管理软件出现，彻底将现在一群歪瓜裂枣赶出历史舞台。

5. 网友果果：endnote不支持cajv,文章换文件夹后还是能看到，mendely支持pdf和cajv，文章换一个文件比如你整理了一下 就从软件找不到文章了！

6. 网友 baul：听说noteexpress对中文支持的最好，rm没有用过。我认为还是endnote最好，毕竟是师出名门，且是行业老大，现在都是尽量投英文paper，endnote最方便。一家之言。

7. 网友wolf：一直用endnote.大部分都是读英文文献，所以不太清楚对中文文献的支持情况，不过是有cnki的filter的。
没用过其他文献管理工具，因为先入为主的认为endnote就是最好的文献管理工具（要不要加“之一”呢？不清楚）。

8. 网友 menz：===经过比较，还是觉得 @孙尉翔 的文献管理方案更好：舍弃Mendeley，使用Endnote X6管理文献，该版本支持在文献pdf内搜索。使用dropbox（或其它文件同步软件）同步数据（包括endnote文献库、pdf文献等一系列文件）。库内内容可同步至endnote web。===

9. 网友李腾：以PDF文档管理为核心的文献管理软件中，最好用的是ReadCube；以引文为核心的文献管理软件中，最好用的是Endnote。可惜这两个软件分别在对方的长项上做的不好，所以只能两个一起用。

二、docear：

1. 网友GD hao：docear似乎可以看做两个软件的深度集成。freeplane和jabref。我理解核心在于思维导图，利于整理思路、整理文献。有了这个图，找文献就是在图中找节点，而不是列表中找某一行，似乎更直观方便。更重要的是一些自己的想法点子、文章的主要思路、章节结构、关键的公式、图标图形等等，也能在图中直观体现，甚至某个程序源文件，也能实现文献的“快捷方式”。docear和XchangePDFviwer配合不错（主要是因为，后者是我知道的功能最丰富的免费软件），自动导入书签、从节点跳转到浏览pdf对应段落等等，但是高亮批注等等会在导图里造成干扰，还得删除。docear节点上编辑似乎还能向pdf书签同步，不过两个软件之间还是缺乏“协调”，若是同时打开，docear直接向pdf写入的操作会被拒绝，而不是docear假手pdf阅读器实现别的软件仅限于excel一样的文献管理，就和思维导图没门了。当然还有很多独立的思维导图软件，可是这些软件和文献管理也没关系。有没有什么别的思维导图软件和什么文献管理软件之间能够实现协同链接、跳转呢？没听说。不过只能实现树结构，额外的连接看起来容易显得很乱。云节点我使用的比较少，似乎想象不出有多大价值。而且我怀疑，别的工具下文献的分组、关键字也几乎可以同样有效的实现思维导图对于文献的分类，docear的价值仅限于“直观’了，当然是各种直观。我使用的也仅仅是docear功能的一部分。例如一些图标就没有用过。可惜docear自己引用的bib引擎似乎不支持汉字，显示全是方框。曾经试图使用别的支持unicode的bib引擎自己替换，结果原理不清楚没有成功。不过，docear4word使用的时候能够正确显示、插入。编辑latex公式的时候，编辑器不能显示汉字，但是调用的latex引擎能正确渲染并在节点输出显示。这个……不会是我字体库的问题吧再者，docear4word这个小工具配合下，windows平台的使用相当便利另外docear最不与时俱进的一点，是网络化不够。别的在网页上点击bib信息就能纳入文献库，docear需要一步步手工添加。docear最大的脑残设计是管理pdf以及其他资源的时候使用了大量的绝对路径，我这样拿着移动硬盘四处流窜的家伙就很不爽。造成的结果之一，就是这个软件号称是win、linux双平台的（java编写的），但是绝对路径就让你不能在双平台上使用你的数据、继续你的研究。官方给出了修改成为绝对路径的方法，太tmd的hacking了。另外，docear号称能作为编辑工具，将思维导图输出成为多种文档，包括word的doc、openoffice的odt、以及tex。不过这似乎是个摆设。输出的doc、odt在内容上竟然不同，有多有少；输出tex，稍微复杂的图就会语法非法。然后就是烦躁的编辑格式、检查……docear的bib文件似乎有方言的嫌疑，别的软件导入总有问题。现在我看待docear是too big to fall，docear的吸引力已经在减弱，可是完全转换平台付出的代价也不愿意接受。不愿意搞半天就是为使用一个工具

2. 匿名网友：个人觉得一般作为理工科做research到一定程度都需要使用LaTex的情况下，JabRef可以直接用作BitTex进行管理，方便存储记录并且为之后写publication增加了便利。而且存储直接分类存储pdf也很直观。

三、Noteexpress：

1.网友 alim：中文做得最好的，想要的功能基本上都有，很齐全，笔记功能，标签功能，还可以旗帜。有一个国人喜爱的功能就是可以显示杂志的影响因子。但是对于PDF的识别能力很不好，总是识别错，而且更新题录有时候很麻烦，还要选择数据库等等才能更新题录。出了在做笔记和标签方面相较于Endnote没有优势，对于中文支持很好。不能分享题录，网络功能很差。

2.网友殷克涛：首先我先说一下我的答案，你如果是主要管理中文文献，还是用noteexpress吧，但是如果是管理英文文献，建议使用其他管理工具，还有就是如果是不差钱,推荐readcube，你如果是个屌丝理工男，我推荐还是用mendeley吧。

3. 网友阿补：我们学校买了noteexpress2和endnote.我们项目组用noteexpress2,将文章和题录文件放在金山快盘里实现项目组共享.noteexpress2通过内置连接题录功能和便签功能可以轻松将大量文献分类整理.

4. 网友彭牔：实话实说，在一般使用情况下是noteexpress，在稳定上是endnote，但是你做国内paper，noteexpress就可以，只是这货有时有BUG，而且开发的不够行，改的都是没用的，不如他们请我去给他们设计一下，保证能设计出一个更舒服合适的软件。现在这类软件免费版也多，其实他们要是便宜，比如一台机器只要30元，50元的，能带动很多人买正版，或者再加个云盘备份功能，我真希望有愿意做文献管理软件的厂商联系我，我义务给你们设计这些东西。要不是我不会编程，我真是忍受不了现在的这些程序！不过我估计我会在五年内学会制作一个简易免费的送给大家用- -不过到时估计这些同类软件都搞的很成熟了，坐看吧~

5. 网友Rowlin：最开始用NE只是因为学校买了集团版，懒得自己去找别的盗版了。难听的话我不说了，反正NE总是有各种各样的小问题（尤其它提供的APA格式跟我看外国人写的不一样），更新那么多次也没有稳定版本出来。现在毕业了，不想再用NE个人免费版，于是尝试其他文献管理软件。目前固定在EN，因为它插入文献时能改成“Higgins and Chaires (1980)”，方便我调整句子结构。今天试过Mendeley和Zotero，都做不到这一点，虽然我觉得这在技术上应该不难。总之首先看你学校有没有买。没有的话，如果研究成果只发表在国内期刊，可以考虑NE等国产软件；如果你在国外读书，要发表外刊，建议还是EN。

四、Zotero

1. 网友 alim：我的最爱，可以做笔记，弥补了Endnote的不足，识别PDF能力很好，最方便的是安装浏览器插件以后可以非常方便的将想要的文献题录保存下来，比如在web of science上的所有题录或者是某个杂志的文献页面，更BUG的是竟然还可以自动下载PDF（有权限的情况下）。可以和别人分享题录。在我看来是无可挑剔的，对于不能添加旗帜的问题可以自己添加标签，然后对作为旗帜的标签标识成不同的颜色。Zotero自己可以通过关键词等等创建标签，也可以自己添加标签。跨平台，有独立版。注册提供300M空间，不够可以再买空间，只保存题录够用了，但是想同步的话可以迁移数据，指定文件夹，将文件夹拷走哪里都可以看，将Zotero的数据文件夹直接同步到同步盘里。不仅如此还可以保存博客、维基百科等等，很强大的只是管理工具。支持很多类型的题录的导入，可以导入rtf文件里面的文献题录，如果别人只给你了rtf题录，可以直接用他来导入。社区很活跃，我在社区问了一个问题，在不到十分钟内就回复我的问题了，真的非常感动，作为免费软件做成这样也是拼了。最重要的是免费，如果是研究人员，尊重别人的知识是种美德，尊重版权更是美德，使用正版软件很重要，只有你尊重了别人的知识别人才能尊重你的知识，学校更应该这样，杜绝提倡使用盗版软件。

2. 网友杜帆：自己在用 Zotero，因为是浏览器插件所以跨平台没问题，有 Firefox 插件版和 Standalone 的客户端版（配合 Chrome 浏览器插件使用），收集文献的流程基本流程就是在 paper 的网页上点抓取，Zotero 会自动下载全文（如果有权限）、生成条目、按照预先设定的规则重命名存在硬盘里或者用网盘同步。文献库可以导出成各种格式，也可以直接与 Word 结合使用。另外还支持用 html 写简单的笔记。如果用的话再推荐 Zotfile 这个 Zotero 的插件，有很多增强功能，比如抓取 PDF 文件的目录附在条目下。

3. 网友黄黄：我是用scrivener结合zotero，用zotero管理论文库，用zotero的标签来方便过滤定位，用skim来做圈圈点点，看到一个论文的部分觉得有意思值得记下来的话，就想象应该把这部分内容放在我scrivener笔记的哪个结构里面，然后复制粘贴过去。当然我scrivener笔记的结构也在变化的，这个是目前我觉得十分趁手的办法，推荐给题主，当然了，我现在最大的问题是看论文的意愿……而不是看论文的方法。

五、Mendeley

1. 网友zfl: 用过noteexpress，endnote还有mendeley。最后还是选择mendeley。因为其功能精炼实用不复杂，对于文献数量不是超大规模的情况很好用。用doi格式化题录挺方便的。重命名功能和同步功能很赞。而且支持linux这一点很重要。特色就是简洁!简洁!简洁!

2. 网友王力：之前和readcube一样，是个初创项目，2013年抱到了Elsevier的大腿（当时被骂成open access运动的叛徒），基本的功能是都有的，可以尝试，但是我觉得没什么亮点。

3. 网友卷毛兔子：mendeley是大爱，对pdf的管理相当好，除了有时候自动识别doi出错需要手动输入和同步功能有点无法让人理解，好像有次通过网页版把文献删了一部分（考虑占用空间），然后联了网后电脑上的这部分也消失了= =现在在linux下面用mendeley，把文献按杂志分类到不同文件夹并重命名，各种分类啊高亮啊功能都很好用。偶尔切换回windows用word和ppt时，就只用文件浏览器的搜索功能，因为看过的文献基本都有印象，按作者啊期刊啊题目啊翻出来并不麻烦。文献管理这个东西，我去听过几次课，各种软件吹的天花乱坠，好像依赖了它就科研能做好似的。自己折腾了这么久，才发现，适合自己的就是好的，哪怕只是自己整理分类都行。n个师兄不用这些，文献照念，科研成果照样亮闪闪。

4.匿名网友：我用Mendeley，在同事推荐下用过Zotero。这两个应该是北美学术圈用的最多的文献管理软件了。Zotero感觉没有Mendeley顺手，估计还是自己不习惯。下面的比较很自然的有Mendeley偏向。对比Mendeley和Zotero：都免费，Mendeley不开源，已被邪恶出版帝国Elsevier收购。都支持多平台，Mendeley还有IOS客户端，通勤或者等人的时候很方便。都有云平台同步，有些学校送Mendeley的7G premium account, Mendeley有小组共享云空间，可以建一个实验室的文献库。都支持浏览器一键导入，pdf文件直接导入，DOI识别，都可以自动pdf改名。都支持bibtex导出，也都支持word和latex。都支持全文搜索，Mendeley有内置PDF浏览器，虽然可以做批注，比较鸡肋。都有些不靠谱的自动文献关联，用的很少Mendely还有些乱七八糟的社交功能，用的很少。Mendeley以前可以从pdf中提取reference，现在这个功能没有了，但是很多期刊网站本身有这个功能，所以可以和浏览器结合使用，也不是太麻烦。基本上常用功能两个都差不多，主要看个人习惯。对我来说Mendeley的最大优势是iOS客户端。两个都没有可视化bibliography network，据说Mendeley在开发，希望快点看到。

六、Papers

1. 网友：Zelong：用Papers有一个月了，正好这个月写了几篇文章，把搜索、阅读、批注和引用的功能都用到了，特地来黑这个软件。1. 最严重的问题：文献的元数据导入错误。Google学术上导入endnote或者bibtex都可以看到元数据，而在Papers里面从Google学术上导入同一篇文献，元数据是错的。比如一篇文献在Google学术上的类型是conference，在Papers里面选择从Google学术导入，类型是book，而这篇文献才4页，请问怎么会是book呢？Google都已经提供完整的元数据，为什么Papers连粘贴都能出错？而元数据出错，在文献列表里面的格式也会跟着出问题，所以这个问题不能忍受。2. 不能下载文献。Google学术上提供了几个PDF链接，但是在Papers里面用Google学术引擎搜索，基本上都无法下载PDF，只会提供一个链接让你购买或者登陆。我目前找了50多篇，只有一篇是能在Papers内直接下载PDF的。3. 注释出错。在文献内高亮部分文本，然后查看注释列表，发现列表的内容根本不是我注释的部分，而是大片大片无关的文字（文献内其他内容），无法理解。以上问题我都写邮件和在论坛提交issue给开发团队，等了两周，至今没有任何回复（除了自动回复说已经收到问题）。在App Store上看看iOS版本的评论数量和评论内容就知道这软件有多坑爹了。因为我用LaTeX写作，所以目前用BibDesk。至少Google学术的“引用”功能只提供endnote和bibtex，就知道哪些软件是主流了。

2. 网友佚名：Papers本身自带的引文功能比较弱，可以选中几条文献，然后用“编辑－拷贝为－参考”的方式生成参考文献的样式，但格式比较奇怪，默认的如下：Xiaolin. From Digital Library to E-Knowledge Mechanism [J]. The Journal of The Library Science In China (2005)也不是说完全不能用，不过不够规范和严谨。Endnote在引文方面非常强大，而且和Pages结合很好，我写文章喜欢用Pages，不太喜欢用Word for mac，所以用Endnote做引文最好不过了。在Papers里面将想要在文章中引用的文献用RIS的格式输出，然后在Endnote里面导入，就可以了，连文献PDF的关联都做好了～这样一来，在做研究的过程中，查文献、看文献、整理文献的任务就都交给了在这方面更加擅长和友好的Papers，而在文章中引用还是Endnote的事。如果有人可以不用Endnote之类的引文管理软件写文章的话，甚至可以直接从Papers里面复制引文格式然后到文档里面粘贴再自行修改。什么，你引文从来都是手工输入？什么，你从来不用引文……好吧你们都是科研强人，我一小硕比不了。

3. 网友 sundaefei：Papers作为一款文献管理软件，主要就是要把文献管理的有序，并且让用户把整理的工作都交给它，自己只要关注文献的内容就好，所以本身提供了按照作者和期刊归类的显示方法，以及搜索，加上星标，我觉得非常完善了。而文献的PDF文件存在哪，用户也不用管了，Papers默认在文稿下面建立了一个文件夹，按照年份－作者的文件结构存储所有的PDF文件。对于PC用户来说，特别关心文件存在哪，存在系统文件夹中会不会丢。这个文件夹的位置可以修改，并且做好备份是不会丢的，甚至可以做到mobileme或者dropbox上同步到云端。之前我的文献散落在各个课程文件夹里，太凌乱了，而且几门课会用到同样的文献，我经常好上好几份。用久了mac系统，我觉得我慢慢开始不关心文件具体存在哪了，只要在应用程序中我能运行它、阅览它，那么它就老老实实的在我的库里待着吧，它的文件夹结构是什么我一点也不关心。

4. 网友宋春林：我来推荐一个强大的文献管理软件：Papers 3，Mac、Windows 和 iOS 平台都有。用过 NoteExpress 和 EndNote，还是觉得 Papers 3 最好用。其实 EndNote 已经是够用的文献管理软件，和 Web of Science 结合起来之后找文献、保存文献信息、引用文献都很方便，够用但毕竟平淡，而 Papers 3 就更为出彩了。

七、ppt

严格来说，ppt 不算，但是有网友Alex说：用PPT做笔记呀，PPT用白板就可以，把重点复制粘贴上去，排版也不用太整理，我基本一篇文献配一个PPT放在一个文件夹里，之后再看的时候直接看PPT就好了，非常节省时间。另外要在组会上讲文献的时候还可以直接拿出来用。放在这里供大家参考一下。

如果你真的想花时间研究一个各个软件的话，推荐看看这篇文章：

https://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_reference_management_software